Laguna negra narra la historia de Manolo Villalba, un joven que crece en un cacerío puertorriqueño en las afueras de San Juan. Su vida está marcada por violencia, las drogas, el crimen y la decadencia moral y espiritual de loshabitantes del Residencial Villa Kennedy. Manolo sueña con salir del caserío, pero aunque logra ingresar a la universidad, comete un error que lo lleva a la cárcel por dos años. Durante su estadía en la prisión, muere su madre, lo que impulsa a Manolo a marcharse a la ciudad de Nueva York el mismo día que obtiene su libertad. En busca de lo que perdió, encontrará el amor, y su verdad.